Lopetegui memulai karier sepak bola bersama tim muda Real Sociedad.
Posisi bermain Lopetegui adalah penjaga gawang.
Pada tahun 1985, Lopetegui pindah menuju Castilla, tim muda Real Madrid.
Sempat dipinjamkan ke Las Palmas, Lopetegui promosi ke tim utama Real Madrid pada tahun 1989.
Setelah itu Lopetegui berganti-ganti klub, dari Logrones, Barcelona, hingga pensiun di Rayo Vallecano pada tahun 2002.
3. Karier sebagai pelatih
Lopetegui memulai karier kepelatihan bersama Rayo Vallecano pada tahun 2003.
Sempat melatih tim muda Real Madrid pada tahun 2008-2009, Lopetegui kemudian melatih timnas Spanyol dari jenjang usia U-19, U-20, dan U-21.
Lopetegui juga sempat menangani Porto sebelum melatih timnas Spanyol.