Tekanan Dortmund tidak mengendur pada babak kedua.
Aubameyang kembali menjadi mimpi buruk barisan pertahahan Gladbach, kali ini pada menit ke-49.
Penyerang asal Gabon tersebut menanduk umpan crossing Mario Goetze, tetapi bola membentur tiang gawang sebelum memantul ke kakinya.
Aubameyang tak menyia-nyiakan kesempatan untuk mencocor bola ke gawang Tobias Sippel.
Penyerang bernomor punggung 17 itu melengkapi golnya menjadi hattrick pada menit ke-62 setelah memanfaatkan kesalahan lini belakang Gladbach mengantisipasi umpan Mahmoud Dahoud.
Gladbach sempat mendapat sedikit keringanan ketika Lars Stindl mencetak gol pada menit ke-66.
Gol Stindl tersebut menandai berakhirnya catatan tanpa kebobolan kiper Dortmund, Roman Buerki, di Liga Jerman sejak pekan pertama.
Namun, Dortmund kembali memperbesar selisih gol pada menit ke-79.
Tembakan Julian Weigl dari luar kotak penalti menyambut salah umpan Jonas Hoffman mengirim bola bersarang telak ke pojok atas gawang Gladbach.
Tiga poin dan enam gol membuat Dortmund belum tergoyahkan di puncak klasemen sementara Liga Jerman dengan 16 poin.