Membela Tampines Rovers dari 2002-2009, ia hijrah ke Persija Jakarta dan bermain di musim 2009-2010.
Kemudian pada 2010-2011, Fahrudin Mustafic pindah ke Persela Lamongan.
Lalu pada 2011, ia kembali ke klub lamanya Tampines Rovers.
Berita Timnas U-16 Indonesia, Media Iran Sebut Garuda Asia Mengejutkan hingga Komentar Pelatih Iran https://t.co/c2hhdivXmp
— BolaSport.com (@BolaSportcom) 22 September 2018
Prestasi Fahrudin ialah memenangkan SPL musim 2004 dan 2005, serta Singapore Cup oada 2004 dan 2006.
Ia juga menjuarai Piala AFF edisi 2007 dan 2012 bersama timnas Singapura.
Meskipun mengumumkan pensiun, Fahrudin Mustafic berharap ia akan kembali dengan kapasitas yang berbeda.
Usai Sebut Messi dan Ronaldo, Lopetegui Kembali Berubah Pikiran soal Pemain Terbaik Dunia https://t.co/AxsOwQpvZv
— BolaSport.com (@BolaSportcom) 22 September 2018
Berikut penggalan pengumuman pensiun Fachrudin Mustafic yang dikutip BolaSport.com dari Fox Sports Asia.
Ketika saya melangkah ke tahap karir sepak bola saya, saya berharap untuk memberikan kembali pada olahraga yang telah memberi saya segalanya.
Saya berharap untuk berbagi pengetahuan saya dengan para pelatih generasi berikutnya dan semoga membantu mereka melampaui apa yang telah saya raih sebelumnya di klub atau negara.
Selamat tinggal untuk saat ini tapi pasti bukan akhir dari cerita sepak bola saya.