Chelsea bisa menyamakan kedudukan pada menit ke-86, namun Morata telah berdiri pada posisi offside.
Hingga laga berakhir, skor 2-1 tak berubah hingga wasit meniup peluit panjang.
Kemenangan ini membuat Man United kembali ke posisi kedua klasemen sementara.
Sebelumnya, posisi runner-up ditempati oleh Liverpool yang menang atas West Ham United satu hari sebelumnya.
Manchester United 2-1 Chelsea (Romelu Lukaku 39', Jesse Lingard 75' / Willian 32')
Susunan Pemain
Manchester United (4-3-3): 1-David de Gea; 25-Antonio Valencia, 12-Chris Smalling, 2-Victor Lindelof, 18-Ashley Young; 31-Nemanja Matic, 6-Paul Pogba, 39-Scott McTominay; 7-Alexis Sanchez (3-Eric Bailly 80'), 11-Anthony Martial (14-Jesse Lingard 64'), 9-Romelu Lukaku.
Cadangan: 8-Juan Mata, 16-Michael Carrick, 19-Marcus Rashford, 23-Luke Shaw, 40-Joel Pereira.
Pelatih: Jose Mourinho
Chelsea (3-4-3): 13-Thibaut Courtois; 27-Andreas Christensen, 28-Cesar Azpilicueta, 2-Antonio Ruediger; 3-Marcos Alonso, 7-N'Golo Kante, 6-Danny Drinkwater (4-Cesc Fabregas 80'), 15-Victor Moses (18-Olivier Giroud 78'); 22-Willian, 10-Eden Hazard (11-Pedro Rodriguez 73'), 9-Alvaro Morata.
Cadangan: 1-Willy Caballero, 21-Davide Zappacosta, 24-Gary Cahill, 33-Emerson Palmieri.
Pelatih: Antonio Conte
Stadion: Old Trafford