Jonatan pun kalah setelah Shi Yuqi memetik tiga poin berikutny secara beruntun.
Tertinggal satu gim mendorong Jonatan bermain agresif pada gim kedua.
Strategi ini sempat membawa Jonatan unggul 4-0 atas Shi Yuqi.
Namun, seperti pada gim kesatu, Shi Yuqi mampu memangkas selisih skornya dan membuat kedudukan menjadi imbang pada skor 4-4, 6-6, dan 7-7.
Shi Yuqi bahkan berbalik unggul 9-7 setelah Jonatan melakukan dua kesalahan beruntun.
Namun begitu, Jonatan tetap lebih dulu mencapai poin interval (11-10) setelah sebuah pengembalian tanggung dari Shi Yuqi berhasil dikonversi menjadi poin.
Baca juga: Kejuaraan Beregu Asia 2018 - Tanpa Lee Chong Wei, Tim Putra Malaysia Belum Siap Menantang Dunia
Sambaran-sambaran pukulan di area depan kembali menjadi kunci permainan Jonatan pada gim kedua.
Setelah menambah keunggulan menjadi 16-14, sambaran pukulan yang dilakukan Jonatan saat beradu drive dengan Shi Yuqi memastikan gim kedua menjadi miliknya.
Memasuki gim ketiga, duel antara Jonatan dan Shi Yuqi semakin sengit.