Klasemen Grup B
| Peringkat | Tim | Main | Menang | Imbang | Kalah | Gol | Poin |
| 1. | Bhayangkara FC (lolos) | 3 | 3 | 0 | 0 | 10:4 | 9 |
| 2. | Bali United | 3 | 2 | 0 | 1 | 6:5 | 6 |
| 3. | Semen Padang | 3 | 1 | 0 | 2 | 5:6 | 3 |
| 4. | Mitra Kukar | 3 | 0 | 0 | 3 | 1:7 | 0 |
Pada Grup C, Kalteng Putra lolos sebagai juara grup setelah unggul perhitungan head to head.
Catatan poin dan gol head to head Kalteng Putra sudah tidak mungkin lagi digeser oleh PSIS maupun Persipura.
Hanya, Kalteng tak bisa menjadi tuan rumah lantaran kalah poin dari empat juara grup lainnya.
Baca Juga : Regulasi Piala Presiden 2019 Untungkan Bhayangkara FC, Ini Alasannya
Klasemen Grup C
| Peringkat | Tim | Main | Menang | Imbang | Kalah | Gol | Poin |
| 1. | Kalteng Putra (lolos) | 3 | 2 | 0 | 1 | 4:2 | 6 |
| 2. | Persipura Jayapura | 3 | 2 | 0 | 1 | 5:4 | 6 |
| 3. | PSIS Semarang | 3 | 1 | 1 | 1 | 3:3 | 6 |
| 4. | PSM Makassar | 3 | 0 | 0 | 3 | 0:3 | 0 |
Pada Grup D, Persija Jakarta lolos sebagai juara grup bersama Madura United yang menjadi satu dari tiga peringkat kedua terbaik.
Baik Persija maupun Madura sama-sama mengoleksi tujuh poin dari tiga pertandingan.
Sama seperti Bhayangkara dan Persebaya, Persija yang mengoleksi tujuh poin berhak menjadi tuan rumah babak delapan besar Piala Presiden 2019.