Baca Juga : Berada di Australia, Marko Simic Dapat Instruksi Khusus dari Manajer Persija
Awal 2018 Dejan kembali lagi ke Indonesia dengan menjadi pelatih Borneo FC.
Di bawah asuhan Dejan Antonic, Borneo FC bertengger di papan atas dan finis di posisi ketujuh Liga 1 2018.
Dejan Antonic kemudian mengambil langkah menyeberang ke Madura United setelah satu musim membesut tim Pesut Etam.
Hal serupa diulangi oleh Mario Gomez, kendati sang pelatih asal Argentina tak sempat melatih tim lain setelah dipecat Persib Bandung.