The Blues dihukum setelah Caballero divonis menjatuhkan Lewandowski di kotak terlarang setelah menerima umpan terobosan Serge Gnabry.
Lewat tinjauan VAR, Bayern mendapatkan penalti yang sukses dikonversi Lewandowski menjadi gol ke-12 di Liga Champions musim ini.
Pada menit ke-24, Lewandowski giliran mengarsiteki gol kedua dengan sebuah assist untuk Ivan Perisic.
Winger Kroasia itu berada dalam posisi tak terkawal saat meneruskan umpan Lewandowski di dalam kotak penalti.
Chelsea sempat memperoleh gol ketika Calum Hudson-Odoi menjebol gawang Manuel Neuer di menit ke-28.
Namun, VAR menganulirnya karena Tammy Abraham lebih dulu terjebak offside dalam proses gol.
Di ujung babak pertama, Abraham menebus kesalahan dengan mencetak gol bagi Chelsea.