Aturan pada poin ke 9.1.1 Klub Juara Liga domestik, 9.1.2 Juara piala domestik, 9.1.3 Runner up liga domestik, dan 9.1.4 Peringkat tiga liga domestik.
Apabila menggunakan skema sesuai regulasi, maka yang menemani Bali United sebagai kampiun Liga 1 2019 di Piala AFC 2021 adalah PSM Makassar selaku juara Piala Indonesia 2019.
Namun dikarenakan PSM Makassar tidak lolos lisensi klub AFC 2021, jatah itu turun ke Persebaya Surabaya.
Namun, sama seperti PSM , Persebaya tak lolos lisensi AFC, sehingga akhirnya slot Piala AFC 2021 harus diberikan ke Persipura karena mereka finis di posisi ketiga pada Liga 1 2019.
Baca Juga: PSSI Tak Masalah Ryuji Utomo Tidak Bisa Gabung TC Timnas Indonesia
Setelah protes dari Persipura yang didasari oleh aturan tersebut pun akhirnya mereka dipercaya menggantikan Persija.
Persija awalnya dipilih PSSI karena merupakan runner up Piala Indonesia 2019.
Ketua Persipura Benhur Tomi Mano, mengatakan bahwa pihaknya diberi waktu sehari untuk bisa menyelesaikan semua proses administrasi.
"Kami diberikan waktu 1 hari untuk membereskan semua administrasi dan persyaratan untuk AFC, ini waktunya sangat mepet sekali, seandainya hasil rapat Exco tanggal 16 Desember itu sesuai manual AFC pasti waktunya lebih banyak untuk kami persiapkan segala sesuatunya," kata Benhur Tomi, Minggu (20/12/2020).