Dirinya hanya mencatatkan 44 penampilan di semua kompetisi bersama AC Milan.
Selain minim mendapatkan menit bermain, Paqueta juga tidak banyak memberikan kontribusi lantaran hanya mengemas 1 gol dan membukukan 3 assist selama membela panji-panji I Rossoneri.
Puncaknya, ketika AC Milan diarsiteki Stefano Pioli pada pertengahan 2020, sang gelandang serang asal Brasil memutuskan hengkang.
Jarang diturunkan dan gagal memberikan performa terbaik, apalagi AC Milan kemudian mendatangkan Sandro Tonali dari Brescia, Paqueta memutuskan pergi pada jendela transfer musim panas 2020.
Klub Liga Prancis, Olympique Lyon, menjadi pelabuhan baru bagi The Next Ricardo Kaka tersebut.
Olympique Lyon menggaet Paqueta usai ditebus dengan mahar senilai 20 juta euro (sekitar Rp345 miliar) dan dikontrak dengan durasi lima tahun.
Bersama Lyon, Paqueta seolah menemukan jati dirinya lagi dan mampu meyakinkan pelatih Rudi Garcia.
Kepercayaan yang diberikan oleh Rudi Garcia tidak disia-siakan Paqueta dengan membukukan 4 gol dan 1 assist dari 19 penampilannya di Liga Prancis musim 2020-2021.