Kendati menurunkan Erling Haaland di lini depan, tim asal Nordrhein-Westphalia itu gagal mencetak gol pada babak pertama.
Dortmund tertinggal sejak menit ke-6 oleh gol Vincenzo Grifo yang menciptakan gol lewat tendangan bebas.
Kiper tim tamu, Gregor Kobel, tidak bisa menjangkau bola.
Baca Juga: Soal Masa Depan Erling Haaland, Pelatih Dortmund: Dia yang Akan Tentukan Sendiri
Skor 1-0 bertahan hingga babak pertama usai.
Freiburg kembali berada di atas angin pada babak kedua.
Roland Sallai menambah keunggulan tim arahan Christian Streich pada menit ke-53.
Baca Juga: Daripada Barcelona dan Real Madrid, Erling Haaland Lebih Cocok Gabung Liverpool
Borussia Dortmund mendapat gol enam menit kemudian.
Yannik Keitel mencetak gol bunuh diri setelah salah mengantisipasi bola dari pemain Dortmund, Jude Bellingham.