Peraih enam kali Ballon d'Or itu mencetak gol pertamanya pada menit ke-67.
Menyambut operan Mbappe, Lionel Messi meluncurkan sepakan kaki kiri dari dalam kotak penalti.
Tembakan Lionel Messi sempat ditepis kiper RB Leipzig, Peter Gulacsi.
Bola yang bergulir liar di garis gawang langsung disambar Messi dengan sontekan kaki kiri.
Baca Juga: RB Leipzig Jadi Korban ke-37, Lionel Messi Samai Rekor Cristiano Ronaldo
Berselang tujuh menit, Messi kembali mencatatkan namanya di papan skor, kali ini melalui titik putih.
PSG mendapatkan hadiah penalti dari wasit Marco Guida usai Mbappe dilanggar Mohamed Simakan di area terlarang.
Messi, yang maju sebagai algojo, melepaskan tendangan panenka ke tengah gawang Leipzig yang mengecoh Gulacsi.