Pertandinga leg kedua, timnas Indonesia bermain imbang 2-2 melawan Vietnam di Stadion My Dinh, Hanoi pada 7 Desember 2016.
Laga tersebut berjalan hingga extra time, dua gol timnas Indonesia dicetak oleh Stefano Lilipaly (54') dan Manahati Lestusen (97').
Sementara dua gol Vietnam dicetak oleh Vu Van Thanh (83') dan Vu Minh Tuan (90+3').
Timnas Indonesia menang agregat 4-3 atas Vietnam dan melaju ke final.
Final
Timnas Indonesia bertemu lawan fase grup di partai final Piala AFF 2016, yakni Thailand.
Thailand menjadi momok timnas Indonesia di pertandingan final yang berlangsung dua leg.
Leg pertama, timnas Indonesia menang 2-1 atas Thailand di Stadion Pakansari, Bogor pada 14 Desember 2016.
Timnas Indonesia tertinggal lebih dulu melalui gol Teerasil Dangda pada menit ke-33.
Akan tetapi pada babak kedua, Rizky Pora mencetak gol pada menit ke-65 dan Hansamu Yama (70').
Berbekal keunggulan satu gol, timnas Indonesia tak mampu berbuat banyak pada leg kedua.
Thailand berhasil comeback pada leg kedua, tim besutan Kiatisuk Senamuang mengalahkan timnas Indonesia dengan skor 2-0 di Stadion Rajamangala, Bangkok, 17 Desember 2016.