Skor imbang 0-0 menutup babak pertama bagi kedua tim.
Babak kedua baru berjalan 30 detik, Bayern mengambil inisiatif serangan cepat melalui umpan dari Musiala.
Kingsley Coman yang terleas dari jebakan offside gagal memanfaatkan peluang setelah bola diblok oleh Rulli.
Baca Juga: Rivalitas Liverpool dan Manchester City yang Terhebat dalam Sejarah Sepak Bola Inggris
Gol untuk Bayern akhirnya datang di menit ke-52 melalui kaki dari Lewandowski.
Bermula dari kesalahan Pau Torres memberi umpan di lini pertahanan Villarreal, bola berhasil diperoleh Thomas Mueller.
Lewandowski yang berdiri bebas berhasil memanfaatkan umpan dari Mueller.
Kendati sempat mengenai tiang kiri gawang, bola lesakan Lewandowski mengarah masuk ke sisi kanan gawang.
Gol ini membuat Bayern memimpin dengan skor 1-0 sekaligus membuat agregat menjadi 1-1 bagi Bayern dan Villarreal.