Karier kepelatihannya juga dihabiskan di klub-klub asal Yogyakarta.
Pasalnya pada 2016-2020, Seto pernah melatih PSS Sleman.
Pada 2020-2021 Coach Seto melatih PSIM Yogyakarta.
Baca Juga: PSSI: Resmi Liga 1 2022-2023 Kick-off pada 23 Juli 2022
Pada April 2022, Coach Seto Kembali ke PSS Sleman.
Saat kembali ke PSS Sleman ini, Coach Seto membuat perubahan timnya.
Pada Liga 1 musim 2021/2022 PSS Sleman harus berjuang keras untuk keluar dari zona degradasi.
Tetapi setelah coach Seto kembali, PSS Sleman berangsur-angsur menunjukkan perkembangan.
Hal ini terbukti PSS Sleman berhasil melaju ke babak semifinal Piala Presiden.
Baca Juga: Resmi, Klub Jerman Lepas Satu Pemainnya untuk Gabung ke Persija