Joakim Maehle menghidupkan kans timnya pada menit ke-66 dengan tendangan bebas via kaki kanan dari luar kotak penalti.
Ia pun belum bisa menyamakan kedudukan. Bola melebar ke kanan gawang Mike Maignan.
Keunggulan tipis AC Milan bertahan hingga pertandingan memasuki 10 menit terakhir.
Gol yang dinantikan suporter tuan rumah di San Siro tercipta pada menit ke-86.
Tembakan kaki kiri Junior Messias dari tengah kotak penalti sukses menaklukkan Juan Musso.
Skor 2-0 bertahan hingga pertandingan selesai dan mengunci tiga poin untuk AC Milan.
I Rossoneri kian nyaman di empat besar klasemen Liga Italia, tepatnya di urutan ketiga.
Milan kini mengoleksi 17 poin di klasemen Serie A.
AC Milan 2-0 Atalanta (Juan Musso 25'-gbd, Junior Messias 86')
SUSUNAN PEMAIN
AC Milan (3-4-3): 16-Mike Maignan; 20-Pierre Kalulu, 28-Malick Thiaw, 23-Fikayo Tomori; 30-Junior Messias (56-Alexis Seelemaekers 89'), 33-Rade Krunic, 8-Sandro Tonali, 19- Theo Hernandez; 10-Brahim Diaz (90-Charles De Ketelaare 74'), 17-Rafael Leao (12-Ante Rebic 88'); 9-Olivier Giroud (11-Zlatan Ibrahinovic 74').
Pelatih: Stefano Pioli
Atalanta (3-5-2): 1-Juan Musso; 2-Rafael Toloi, 19-Berat Djimsiti, 42-Giorgio Scalvini (6-Jose Luis Palomino 84'); 77-Davide Zappacosta (23-Matteo Ruggeri 84'), 13-Ederson (10-Jeremia Boga 63'), 7-Teun Koopmeiners (23-Lukas Voorlicky 84'), 15-Marten de Roon, 3-Joakim Maehle; 11-Ademola Lookman (9-Luis Muriel 69'), 17-Rasmus Winther Hojlund
Pelatih: Gian Piero Gasparini
Wasit: Maurizio Mariani