Data dari transfermarkt.com menunjukkan, Ndayiragije memulai karier kepelatihannya di beberapa klub lebih dulu sebelum merambah menangani tim nasional Burundi.
Dia memulai karier kepelatihannya sebagai seorang pelatih sekaligus manajer di klub Vital'O FC, Mbao FC, Kinondoni Municipal Council (KMC FC), hingga Azam FC.
Prestasinya cukup bagus, ia membawa Vital'O FC menjuarai turnamen liga dan piala lokal di Burundi.
Hal itu yang membuat namanya cukup terkenal sebagai seorang pelatih di kawasan Afrika Timur dan Afrika Tengah.
Alhasil, ia dipilih untuk menangani timnas Tanzania pada Agustus 2019.
Melatih Tanzania, Ndayiragije memiliki jasa besar membawa mereka lolos ke Piala Afrika 2019.
Pada Piala Afrika 2019, Tanzania gugur di fase grup tanpa poin setelah menderita kekalahan beruntun dari Aljazair, Kenya, dan Senegal.
Tak berselang lama, Ndayiragije pun dilepas dari posisinya sebagai pelatih Tanzania pada 2021.
Ia sempat menganggur hampir dua tahun sebelum akhirnya direkrut sebagai pelatih negara kelahirannya yakni Burundi pada awal tahun 2023 ini.
Baca Juga: Kabar Buruk, Burundi Pincang Jelang Lawan Timnas Indonesia di FIFA Matchday