Grup X diisi oleh Semen Padang, Persiraja Banda Aceh, PSMS Medan, dan PSIM Yogyakarta.
Di Grup Y ada FC Bekasi City, Persela Lamongan, Deltras FC, dan Malut United.
Terakhir di Grup Z ditempati PSBS Biak, Persewar Waropen, Persipal Babel United, dan Gresik United.
Untuk babak 16 kecil Liga 2 2023/2024 dibagi ke dalam empat grup yang masing-masing diisi oleh empat tim.
Grup A diisi oleh Sriwijaya FC, Perserang Serang, Sada Sumut FC, dan PSKC Cimahi.
Baca Juga: Babak Pendahuluan Sudah Tuntas, Inilah Pembagian Grup untuk Babak 12 Besar Liga 2 2023/2024
Grup B ada Nusantara United, PSPS Riau, Persikab Kabupaten Bandung, dan PSDS Deli Serdang.
Grup C ditempati Persijap Jepara, Sulut United FC, Persipa Pati, dan Persiba Balikpapan.
Terakhir di Grup D ada Persipura Jayapura, PSCS Cilacap, Kalteng Putra, dan Persekat Tegal.
Direktur Utama PT LIB, Ferry Paulus, mengatakan babak 12 besar dan babak 16 kecil akan digelar secara bersama-sama.