Lopetegui benar-benar angkat kaki dari El Real pada 1991 dan menuju ke Logrones.
Tiga musim di Logrones, dia hijrah ke tim rival Real Madrid, Barcelona, pada 1994-1997.
Dia lalu hengkang ke Rayo Vallecano pada 1997 dan pensiun pada 2002 di klub tersebut.
Lopetegui punya catatan menarik ketika bermain untuk El Real.
Tiga musim di Madrid, sempat dipinjamkan selama semusim, Lopetegui hanya sekali tampil di tim senior.
Kala itu, pada Liga Spanyol musim 1989-1990, Lopetegui diturunkan oleh pelatih John Toschack sejak menit pertama menghadapi Atletico Madrid.
Akan tetapi, Lopetegui justru harus menerima nasib buruk pada laga itu.
Gawang yang dia jaga harus robek tiga kali oleh serbuan tim rival sekota.
Pada menit ke-17, Baltazar sukses mencetak gol pertama di pertandingan itu.