Setelah jatuhnya Soeharto dari kursi kepresidenan tahun 1998, Timor Timur bersikeras ingin berpisah dari Indonesia.
Perjuangan rakyat Timor Timur semakin menguat dan mendapat dukungan PBB serta negara-negara barat.
Akhirnya, merdeka berhasil meraih kemerdekaan setelah diadakan referendum pada 30 Agustus 1999.
Dengan kemenangan ini, terhitung sejak 30 Agustus 1999, Timor Timur berpisah dari Republik Indonesia untuk menjadi sebuah negara independen.
Akan tetapi berbeda dari Catalonia dan Spanyol yang memiliki basis sepak bola yang kuat, berpisahnya Timor Leste tidak begitu berdampak bagi sepak bola Indonesia.
Sejarah mencatat, belum ada pemain sepak bola Timor Timur yang membela Timnas Indonesia.
Usai berpisah dari Indonesia, Timor Leste mulai merintis sepak bola.
Asosiasi Sepak bola Timor Leste bergabung dengan AFC pada 2002.
Tiga tahun kemudian Timor Leste ikut menjadi anggota FIFA pada 12 September 2005.