Persipura Jayapura menjadi tim pertama yang dia bela saat masih dilatih oleh Jacksen F Tiago dan berhasil membawa tim Mutiara Hitam juara Liga Super Indonesia musim 2010/2011 dan 2013.
Satu prestasi lain diraihnya bersama Persipura ketika berhasil menjuarai Piala Inter Island tahun 2011.
Bersama Persipura Jayapura, Yoo Jae-hoon telah tampil sebanyak 110 kali
Perjalanan kariernya pun berlanjut dengan memperkuat Bali United pada musim 2015/2016 dan tampil sebanyak enam kali namun, hal ini tidak berlangsung lama karena dia kembali memperkuat tim lamanya, Persipura.
Dia kembali ke Persipura dan bertahan selama tiga musim 2016/2018, kiper berusia 35 tahun itu tampil sebanyak 28 kali untuk tim Mutiara Hitam.
Baca Juga : 20 Tahun Berkarier, Yoo Jae-hoon Dapat Pengalaman Tidak Menyenangkan di Mitra Kukar
Musim 2018, dia akhirnya memperkuat salah satu tim asal Kalimantan Timur, Mitra Kukar yang merupakan klub ketiga yang dia bela di Liga Indonesia.
Kariernya di Mitra Kukar ternyata tidak mulus seperti halnya ketika memperkuat Persipura Jayapura, karena Yoo mengalami cedera parah.
Suka dan duka dia rasakan selama membela tim Mitra Kukar klub asal Kalimantan Timur tersebut.