Ia banyak menukangi tim Indonesia, termasuk Persipura Jayapura pada tahun tahun 2007.
Kala itu ia menjadi asisten pelatih dari Irfan Bakti yang sudah menjadi tandemnya selama beberapa tahun.
Berkah datang kepada Raja Isa di putaran kedua Liga Indonesia 2007.
Tandemnya kala itu, Irfan Bakti memilih kembali ke Malaysia dan membuat Raja Isa menjadi nahkoda Persipura Jayapura kala itu.
Baca Juga: Striker Asal Belanda Menunggu Kabar Baik dari Persib Bandung
Saat itu Raja Isa hampir mendatangkan gelar Piala Indonesia untuk Persipura Jayapura jika saja timnya dapat memenangi adu penalti melawan Sriwijaya FC.
Seusai membawa Persipura Jayapura ke babak final, nama Raja Isa mulai baik ke permukaan di Indonesia.
Pada tahun 2008, PSM Makassar meminangnya untuk menjadi pelatih kepala.
Namun Raja Isa gagal membawa prestasi ke Makassar karena hanya menempati peringkat delapan di Liga Indonesia musim 2008.