Ia menjalani debut di Liga Jepang alias J1 League pada pekan kedua musim itu, tepatnya pada 16 Maret 1997, melawan Gamba Osaka.
Nakamura masuk pada menit ke-55 menggantikan Julio Cesar Baldivieso, meski harus rela melihat tim yang ia bela kalah telak 0-4 dari Gamba Osaka.
Musim itu, ia bermain 30 kali dan mencetak lima gol di semua ajang.
Kebintangan Shunsuke Nakamura mulai benar-benar terlihat pada tahun 2000.
Dari 32 laga di J1 League, Nakamura mencatat lima gol dan 11 assist, mengantarkan Marinos jadi runner-up J1 League musim itu.
Nakamura juga terpilih menjadi MVP alias Pemain Terbaik J1 League 2000.
Selain itu, Nakamura juga menjalani debutnya di timnas Jepang pada tahun ini.
Ia diturunkan pelatih Philippe Troussier pada laga Kualifikasi Piala Asia 2000 melawan Singapura, 13 Februari 2000.
Nakamura kemudian mencetak gol pertamanya untuk Samurai Biru pada laga berikutnya di Kualifikasi Piala Asia 2000, yaitu kontra Brunei Darussalam pada 16 Februari 2000, mencetak gol pada menit ke-45 dalam kemenangan 9-0 timnas Jepang.
Pada putaran final, Nakamura berhasil membawa Jepang meraih gelar Piala Asia 2000 dengan mengalahkan Arab Saudi di final. Nakamura masuk ke dalam Tim Terbaik turnamen.