Tak berselang lama, catatan waktu Pol Espargaro mampu dilewati oleh kakaknya, Aleix Espargaro yang membalap untuk tim Aprilia, dan pembalap Red Bull KTM lainnya, Brad Binder berhasil merebut posisi ketiga dari tangan Valentino Rossi.
15 menit tersisa, persaingan merebut posisi sebagai pembalap tercepat pada P3 kian memanas, kali ini giliran Joan Mir dari tim Suzuki Ecstar mampu menggusur Johann Zarco.
Baca Juga: MotoGP Republik Ceska 2020 - Franco Morbidelli Bidik Podium di Brno
Franco Morbidelli juga tidak ingin ketinggalan untuk unjuk gigi, rider asal Italia itu sukses mempertajam catatan waktunya menjadi 1 menit 56,037 detik untuk merebut posisi teratas dari tangan Joan Mir.
Hal sama juga ditunjukkan oleh rekan setim Joan Mir, Alex Rins yang akhirnya mampu menembus 10 besar dengan menduduki urutan kedua pembalap tercepat pada 10 menit terakhir.
Valentino Rossi kembali menunjukkan dirinya setelah sempat tercecer di urutan sembilan, setelah mempertajam catatan waktunya dia mampu berada di urutan kedua.
Saat FP3 memasuki detik terakhir, Johann Zarco mampu menyodok ke urutan kedua sementara Fabio Quartararo mampu memperbaiki posisinya dengan menempati urutan ketiga.
Berikut hasil lengkap FP3 MotoGP Republik Ceska 2020.
| POS | RIDER | NAT | TEAM |
| 1 | Franco Morbidelli | ITA | Petronas Yamaha (YZR-M1) |
| 2 | Johann Zarco | FRA | Reale Avintia Ducati (GP19) |
| 3 | Fabio Quartararo | FRA | Petronas Yamaha (YZR-M1) |
| 4 | Pol Espargaro | SPA | Red Bull KTM Factory (RC16) |
| 5 | Valentino Rossi | ITA | Monster Yamaha (YZR-M1) |
| 6 | Aleix Espargaro | ITA | Factory Aprilia Gresini (RS-GP) |
| 7 | Joan Mir | SPA | Suzuki Ecstar (GSX-RR) |
| 8 | Cal Crutchlow | GBR | LCR Honda (RC213V) |
| 9 | Maverick Vinales | SPA | Monster Yamaha (YZR-M1) |
| 10 | Danilo Petrucci | ITA | Ducati Team (GP20) |
| 11 | Alex Rins | SPA | Suzuki Ecstar (GSX-RR) |
| 12 | Takaaki Nakagami | JPN | LCR Honda (RC213V) |
| 13 | Andrea Dovizioso | ITA | Ducati Team (GP20) |
| 14 | Miguel Oliveira | POR | Red Bull KTM Tech3 (RC16) |
| 15 | Jack Miller | AUS | Pramac Ducati (GP20) |
| 16 | Brad Binder | RSA | Red Bull KTM Factory (RC16) |
| 17 | Tito Rabat | SPA | Reale Avintia Ducati (GP19) |
| 18 | Bradley Smith | GBR | Factory Aprilia Gresini (RS-GP) |
| 19 | Alex Marquez | SPA | Repsol Honda (RC213V) |
| 20 | Stefan Bradl | GER | Repsol Honda (RC213V) |